Der romanische Vorgängerbau der heutigen Kirche wurde 1191 zur Pfarrkirche erhoben. An diese dreischiffige Basilika fügte man ab 1411 den noch heute erhaltenen Turm an, welcher 1468 bis zum Glockengeschoss fertiggestellt war. 1470 begann die Errichtung des spätgotischen polygonalen Chores im Zusammenhang mit der Verlegung des Chorherrenstiftes Sindelfingen und der Gründung der Universität durch Graf Eberhard im Bart (1445/1459–1496, seit 1495 Herzog). Bis 1547 diente der Chor, dessen Haupt mit dem Bildprogramm an den Strebepfeilern die Schauseite der Kirche bildet, als Universitätsaula. 1478–1490 erfolgte unter Verwendung romanischer Bausubstanz der Bau des Langhauses als dreischiffige Staffelhalle unter der Leitung des Wiesensteiger Steinmetzen Hans Augstaindreyer, wobei statt einer Wölbung der Raumabschluss durch eine Holzdecke hergestellt wurde. Nach der Einführung der Reformation 1534 kam es zur Auflösung des Chorherrenstiftes und in der Mitte des 16. Jahrhunderts zur Einrichtung der Grablege der württembergischen Herzöge im Chor. 1590 konnte mit dem Aufsetzen einer hölzernen Spitze der Turm vollendet werden. Die barocken Umgestaltungen im Inneren wurden 1866/1867 im Zuge einer neogotischen Renovierung unter der Leitung von Christian Friedrich Leins (1814–1892) beseitigt, wobei die Schiffe eine Wölbung erhielten. In der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts kam es zu einer erneuten Restaurierung des Innenraumes.

Im weiten Inneren trennt der spätgotische Lettner, 1490 errichtet und im 19. Jahrhundert erneuert, den ursprünglich der Geistlichkeit vorbehaltenen Chor vom Langhaus für die Laien. Hier befindet sich auch ein Passionsaltar von 1520, der aus der Werkstatt des Dürer-Schülers Hans Leonhard Schäufelein (um 1480/1485–um 1538/1540) in Nördlingen stammt. Im Chor befinden sich noch spätmittelalterliche Glasfenster und zahlreiche Grabmäler und Epitaphe württembergischer Herrscher, darunter auch die Gedächtnisplatte für Herzog Eberhard im Bart. 1509 entstand die Kanzel, an deren polygonalen Korb Reliefs der Kirchenväter und Maria mit dem Kind zu sehen sind und die von einem filigranen Deckel abgeschlossen wird. Vom Ende des 15. Jahrhunderts stammt der kelchförmige Taufstein, ebenso das reich geschnitzte Chorgestühl mit seinen Büsten, welches sich heute im Langhaus befindet. Die Orgel als größtes Instrument der Stadt entstand 1965 in der Firma Weigle und wurde 2001 umfassend erneuert. Sie besitzt 62 klingende Register auf drei Manualen und Pedal.

Quellenangaben: Dehio Baden-Württemberg II [Regierungsbezirke Freiburg und Tübingen], 1997, S. 716-720; http://de.wikipedia.org/wiki/Stiftskirche_%28T%C3%BCbingen%29 ; http://www.stiftskirche-tuebingen.de/