Zu den herausragenden Baudenkmalen ottonischer Kunst zählt die Kirche des 959 gegründeten Frauenstifts. Der wohl mit der Gründung begonnene Erstbau war eine dreischiffige Emporenbasilika mit Westwerk, Querhaus, Chor und drei Apsiden, womit erstmals ein byzantinischer Bautyp nördlich der Alpen errichtet wurde. Unter dem Chor legte man eine Hallenkrypta an – heute die älteste erhaltene in Deutschland. Die auffällige Unregelmäßigkeit des Grundrisses resultiert wahrscheinlich aus dem Bauablauf, bei dem auf bestehende Gebäude Rücksicht genommen werden musste. Im 12. Jahrhundert kam es zu einer Umgestaltung, bei der man im Westen einen weiteren Chor anlegte, die Türme des Westwerks erhöhte und die Emporen in den Seitenschiffen aufgab. Außerdem erfolgte die Aufstockung des an die Kirche anstoßenden Kreuzgangflügels. Bereits 1521 wurde in der Kirche die Reformation eingeführt; sie gehört damit zu den ersten protestantischen Kirchen überhaupt. Nach der Auflösung des Stifts im Jahr 1616 begann der Verfall des Bauwerks. Eine umfangreiche Restaurierung 1858–1872, unter der Leitung des preußischen Konservators Ferdiand von Quast (1807–1877), orientierte sich am Erstzustand des Bauwerkes und fügte dem Innenraum unter anderem eine neue Ausmalung zu. 1907–1910 wurden die Westwerktürme neu errichtet.

Die heutige Ausstattung im Inneren ist wie auch die Ausmalung von den Restaurierungsmaßnahmen des 19. Jahrhunderts geprägt. Aus dieser Zeit stammen die Kanzel, das Gestühl und die zweigeteilte Orgel, die den Blick auf die Westapsis frei lässt. Älteren Ursprungs ist vor allem das Heilige Grab, das beim romanischen Umbau bereits vorhanden war. Damit ist es das älteste erhaltene Heilige Grab in Deutschland. Es besteht aus einem Vorraum und der Grabkammer, qualitätvolle Reliefs zieren die Wände. Aus der abgebrochenen Kirche von Alsleben stammt die steinerne Taufe aus der Mitte des 12. Jahrhunderts, die Reliefs aus dem Leben Christi zeigt. Das Hochgrab des Kirchenstifters Markgraf Gero (um 900–965) wurde 1519 in der Vierung aufgestellt. Ebenfalls am Beginn des 16. Jahrhunderts entstand ein Tafelbild des Markgrafen auf der Südempore des Querhauses.

Quellenangaben: Dehio Sachsen-Anhalt I, 2002, S. 256-265; http://de.wikipedia.org/wiki/Stiftskirche_St._Cyriakus_%28Gernrode%29; http://de.wikipedia.org/wiki/Heiliges_Grab_%28Gernrode%29