Erstmals wurde die Kirche am Markt 1228 erwähnt, 1426 legte man den Grundstein für einen Neubau. Ein Brand im Jahr 1473 verursachte große Schäden an der wohl noch nicht vollendeten Kirche, so dass es bis 1511 dauerte, ehe die Weihe stattfinden konnte. Der Bau ist von einem überaus breiten dreischiffigen Langhaus mit segmentbogenförmigen Westabschluss und einem schmalen Chor gekennzeichnet sowie am Außenbau zum Teil aufwendig mit Baudekor versehen worden. Besonders das kielbogige Westportal vom Beginn des 16. Jahrhunderts zeigt den Reichtum spätgotischer Formen. Der Nordturm, 1426–1473 entstanden, ist der höchste der Stadt; in 53 Meter Höhe befindet sich hier eine Türmerwohnung. 1724 wurde das Innere der Kirche barockisiert, am Ende des 19. Jahrhunderts fand eine purifizierende Restaurierung statt.

Das reich ausgestattete Innere ist von einer Spiegeldecke aus dem Jahr 1724 abgeschlossen. Zu den wertvollsten Ausstattungsstücken zählen Gemälde von Lucas Cranach d. Ä. (1472–1553). Die dominierende barocke Altarwand des Zeitzer Hofbildhauers Heinrich Schau wurde 1680 aufgestellt. Von den Epitaphien ist der Grabstein des August von Leubelfing, der als Page des schwedischen Königs Gustav Adolf (1594/1611–1632) in der Schlacht von Lützen 1632 fiel, besonders erwähnenswert. Zacharias Hildebrandt (1688–1757) baute in den Jahren 1743–1746 die Orgel in einem älteren Gehäuse. Die Prüfung nahmen Johann Sebastian Bach (1685–1750) und Gottfried Silbermann (1683–1753) vor, in den 1990er Jahren wurde das Instrument, das zu den bedeutendsten spätbarocken Orgeln gehört, restauriert.

Quellenangaben: Dehio Sachsen-Anhalt II, 1999, S. 597-601; http://www.hildebrandtorgel-naumburg.de/; http://de.wikipedia.org/wiki/Stadtkirche_St._Wenzel_%28Naumburg%29