In der gotischen Backsteinkirche haben sich im Chorbereich Reste des frühgotischen Vorgängerbaus aus der Zeit um 1260 erhalten. Ab etwa 1270 wurde bis zum frühen 14. Jh. ein polygonaler Hallenumgangschor errichtet, an den unmittelbar danach das im Westen begonnene dreischiffige basilikale Langhaus angefügt wurde. Gleichzeitig wurde die Doppelturmfront begonnen und in der 2. Hälfte des 14. Jh. vollendet. In der 1. Hälfte des 15. Jh. sind die südlichen Chorkapellen angefügt worden und 1667 erhielt der Südwestturm einen barocken Helm. In der Mitte des 19. Jh., sowie 1891–1910 fanden umfassende Restaurierungsarbeiten statt.

Das Kircheninnere wird von den geweißten Stützpfeiler und dem Gewölbe sowie den farbig gefassten Architekturgliedern und den bedeutsamen, böhmisch beeinflussten Malereien von 1330/35 bis 1370 bestimmt. Bemerkenswert ist außerdem die reiche, zum Teil noch mittelalterliche Ausstattung: Der vielfigurige Hochaltar wurde um 1470 in einer Stralsunder Werkstatt geschaffen. 1708 entstand nach einem Entwurf Andres Schlüters (1659/1664–1714) durch den Stralsunder Bildhauer Thomas Phalert der Hauptaltar an der Chorschranke. Weitere mittelalterliche Altäre sind der Schneideraltar vom Ende des 15. Jh., der sog. Junge-Altar im 2. Viertel des 15. Jh., der Altar der Riemer und Beutler aus der Mitte des 15. Jh., der Bürgermeister-Altar von 1500/16, der Altar der Bergenfahrer aus der Zeit um 1500. Zu erwähnen sind außerdem das Taufgehäuse von 1710, eine Werksteintaufe des späten 13. Jh., die Kanzel von 1611 mit einem Schalldeckel aus dem Jahr 1678, die Chorschranken des frühen 15. Jh., ein monumentales Kruzifix aus der Mitte des 14. Jh., ein kreuztragender Christus aus dem 1. Viertel des 15. Jh. sowie zahlreiche Grabdenkmäler des 16.–18. Jh. Besonders hervorzuheben sind die vier geschnitzten Reliefs des auch kulturhistorisch einmaligen sogenannten Rigafahrer- oder Russlandfahrergestühl von 1360/70, eine ungemein qualitätvolle Anna Selbdritt aus Holz und Stuck aus der Zeit um 1280/90 sowie die astronomische Uhr von 1394 hinter dem Hochaltar, bei der es sich um die weltweit älteste mechanische Uhr mit erhaltenem Räderwerk handelt. Die große Hauptorgel schuf 1841 der Berliner Orgelbauer Carl August Buchholz (1796–1884). Die zweite Orgel fertigte 1986 die Potsdamer Schuke-Werkstatt.

Quellenangaben: Dehio Mecklenburg-Vorpommern 2000, S. 579–591; http://de.wikipedia.org/wiki/St.-Nikolai-Kirche_(Stralsund); http://de.wikipedia.org/wiki/Rigafahrergest%C3%BChl; http://de.wikipedia.org/wiki/Orgel_der_St.-Nikolai-Kirche_(Stralsund)