Die dreischiffige Hallenkirche gehört zu den größten Bauten der Gotik in Thüringen und entstand anstelle zweier romanischer Vorgängerbauten seit den 1380er Jahren. Zuerst wurden der Chor und die östlichen Langhausjoche errichtet, bis 1446 entstand die als Schauseite ausgebildete Südfassade, wo sich das prächtige Braut- sowie das schlichtere Gerichtsportal befinden. Bemerkenswert ist auch der Durchgang unter dem Chor, die sogenannte Kavate. Sie zählt zu den »Sieben Wundern«, den Sehenswürdigkeiten Jenas. An die Kirche schloss sich ein Konvent der Zisterzienserinnen an, die das Patronat der Kirche besaßen. Nach einer längeren Unterbrechung begann 1474 die zweite Hauptbauphase, in der bis 1506 das Langhaus fertig gestellt wurde.1486–1557 entstand zudem im Auftrag der Stadt der ca. 50 Meter hohe Westturm, der bis 1933 im Besitz der Kommune war. Im 19. Jahrhundert erfolgte eine purifizierende Rekonstruktion des Innenraums. Nach schweren Zerstörungen im Zweiten Weltkrieg wurde bis 1956 die Kirche wieder aufgebaut.

Der helle Innenraum wird von reichen Sterngewölben abgeschlossen. Auf der Nonnenempore im nördlichen Seitenschiff befindet sich der Beichterker der Zisterzienserinnen. Bedeutendstes Ausstattungsstück ist die Schnitzfigur des Erzengels Michael mit einem Drachen, die um 1240 entstand und noch aus dem romanischen Vorgängerbau der heutigen Kirche stammt. Im Spätmittelalter wurde die Plastik in einer fialbekrönten Nische an der äußeren Turmsüdseite aufgestellt. Von der steinernen Kanzel, vor 1506 gefertigt, predigte auch Martin Luther (1483–1546). Im nördlichen Seitenschiff befindet sich die Grabplatte für Luther. 1548 in Erfurt gegossen, gelangte sie nie in die Wittenberger Schlosskirche, wo sich das Grab des Reformators befindet. Durch den Zweiten Weltkrieg wurde die Sauer-Orgel von 1909 zerstört. Heute befindet sich ein Instrument der Potsdamer Firma Alexander Schuke aus dem Jahr 1963 auf der Westempore, das 51 Register auf drei Manualen und Pedal besitzt.

Quellenangaben: Möbius, Friedrich: Die Stadtkirche St. Michael zu Jena. Symbolik und Baugeschichte einer spätgotischen Stadtpfarrkirche, Jena 1996, Dehio Thüringen, 2003; S. 642-646; http://de.wikipedia.org/wiki/St._Michael_%28Jena%29