Die außerordentlich bedeutsame dreischiffige Backsteinbasilika mit Querhaus, Umgangschor und Westturmanlage wurde von 1382/84 bis 1473 als Ersatz für einen zerstörten Bau errichtet. Sie gilt als »Höhe- und Endpunkt« der norddeutschen Backsteingotik. Zuerst entstanden die Ostteile und bereits war 1416 mit dem Turm begonnen worden, dessen Errichtung sich jedoch noch bis ins 3. Viertel des 15. Jh. hinzog. Die heutige Turmhaube geht auf das Jahr 1708 zurück. 1840–56 erfolgte eine neogotische Umgestaltung, wobei man auf Entwürfe Karl Friedrich Schinkels zurückgreifen konnte. Diese Veränderungen sind 1940 teilweise wieder rückgängig gemacht worden.

Das Innere wird von der hoch aufragenden gotischen Gewölbearchitektur und den zum Teil noch vorreformatorischen Ausstattungsstücken geprägt. Hervorzuheben ist der aus Deyelsdorf stammende spätgotische Hauptaltar aus der Mitte des 15. Jh., die Kalksteintaufe des späten 13. Jh., die nach Entwürfen des Stralsunder Zeichenlehrers Johann Wilhelm Brüggemann nach 1840 gefertigte neogotische Holzkanzel, drei Schnitzfiguren aus der Zeit um 1430, ein Kruzifix aus der 1. Hälfte des 15. Jh. sowie zahlreiche Grabdenkmäler des 17. und 18. Jh. Die Orgel in frühbarockem Prospekt ist das letzte Werk des Lübecker Meisters Friedrich Stellwagen (1603–1660) aus dem Jahre 1659.

Quellenangaben: Dehio Mecklenburg-Vorpommern 2000, S. 591–597; http://de.wikipedia.org/wiki/St.-Marien-Kirche_(Stralsund); http://de.wikipedia.org/wiki/Friedrich_Stellwagen