Anstelle eines 1397 abgebrannten romanischen Vorgängerbaus, von dem sich wenige Reste erhalten haben, entstand bis zur Neuweihe 1440 eine große dreischiffige Backsteinbasilika mit polygonalem Chor. Westlich an das Schiff schließt sich nach Süden die Marienkapelle an, die ebenfalls einen polygonalen Schluss aufweist. Bestimmt wird der Bau durch den mächtigen Turm, dessen Glockengeschoss aus dem 16. Jahrhundert stammt. Die Haube wurde 1747 aufgesetzt. Bei Restaurierungsarbeiten im 19. Jahrhundert kam es zum Teil auch zur neogotischen Überformungen der Fenster und Friese am Außenbau. Die mecklenburgischen Landtage, die von 1621 bis1918 im Wechsel mit Sternberg in Malchin stattfanden, wurde immer in der Kirche eröffnet.

Der einheitlich wirkende Innenraum weist im Mittelschiff Sterngewölbe auf, die Seitenschiffe schließen einfache Kreuzrippengewölbe ab. Auf dem Altar befindet sich ein klassizistischer Säulenaufbau, der eine Kreuzigungsszene rahmt. Das Gemälde, eine Kopie nach Charles Hutin (1715–1776), stammt von Wilhelm Krüger (1775–1850). Am Korb der hölzernen Renaissancekanzel von 1571 neben dem Chorraum sind in reicher Rahmung die Evangelisten zu sehen. Eine weitere Kanzel im Schiff, das Gestühl sowie die hölzernen Emporen stammen aus dem 19. Jahrhundert. Im Jahr 1780 entstanden der große Orgelprospekt und die ausschwingende Empore. Darin befindet sich ein Instrument aus der Schweriner Werkstatt von Friedrich Friese (1827–1896) von 1877 mit 28 Registern auf zwei Manualen und Pedal. Das wertvollste Ausstattungsstück befindet sich in der sterngewölbten Marienkapelle: ein Flügelretabel, das um 1430/1440 geschaffen wurde. Es zeigt die Marienkrönung mit Heiligenfiguren beziehungsweise Szenen aus dem Leben Christi und der beiden Johannes. 1979 kam es zur Umsetzung einer Orgel, die Friedrich Hermann Lütkemüller (1815–1897) im Jahr 1864 schuf, aus der Kirche Borgfeld in die Marienkapelle.

Quellenangaben: Dehio Mecklenburg-Vorpommern, 2000, S. 332-334; http://de.wikipedia.org/wiki/St._Johanniskirche_%28Malchin%29; http://www.st-johannis-malchin.de/Kirchengemeinde/Kirchen.html; http://www.orgelmuseum-malchow.de/inventar.htm