Ältester Teil der zweischiffigen Kirche des ehemaligen Franziskanerklosters ist das Nordseitenschiff, in dem sich der ältere Kirchensaal von 1250/60 verbirgt. Dieser wurde in der 1. Hälfte des 14. Jh. in eine kreuzrippengewölbte Kirche übernommen, die wiederum 1455 einen polygonalen dreijochigen Chor erhielt. Nach Brandzerstörung 1614 wurde eine Flachdecke auf Holzstützen eingezogen. Der Chor wurde 1864 im Zuge eines Straßenbaus gekürzt. 1891–94 ist das Bauwerk unter Leitung von Hugo Hartung (1855–1932) und Karl Schäfer (1844–1908) im Sinne einer historistisch-stiltreuen Bettelordensarchitektur wiederhergestellt worden.

Das Kircheninnere wird von der spätmittelalterlichen Gewölbearchitektur und der entsprechenden Architekturfarbigkeit bestimmt. Der reich geschnitzte Altaraufsatz entstand um 1730 und die Kalksteinkanzel 1598. Zu erwähnen ist außerdem ein spätgotischer Flügelalter mit Kreuzigungsszene im Schrein und gemalten Flügeln. Die Orgel schuf 1990 die Alexander Schuke Potsdam Orgelbau.

Quellenangaben: Dehio Mecklenburg-Vorpommern 2000, S. 363f.; http://de.wikipedia.org/wiki/St._Johannis_(Neubrandenburg)