Bereits in der Mitte des 19. Jahrhundert gab es Bemühungen, im rasch wachsenden Leipziger Vorort Lindenau eine neue Kirche zu errichten, die den bestehenden Bau ersetzen sollte. 1880 wurde ein Wettbewerb ausgeschrieben und im folgenden Jahr begonnen, nach Plänen von August Hartel (1844–1890) und Constantin Lipsius (1832–1894) die Kirche auszuführen. Es entstand bis 1884 am Rossmarkt ein neogotischer Verblendziegelbau mit einer über 74 Meter hohen Turmfront, einem gedrungenen dreischiffigen Langhaus und einem polygonalen Chor. Seit Ende der 1970er Jahre feierte man die Gottesdienste in der Winterkirche unter der Orgelempore, das Langhaus diente von 1989–1994 als Materiallager. Seither wird der Bau saniert. Neben der Kirche steht an der Rietschelstraße ein litfaßsäulenförmiger Linienverzweiger der Deutschen Reichspost – ein seltenes technisches Denkmal aus der Frühzeit des Telefonwesens.

Das kreuzrippengewölbte Innere mit der dreiseitigen Empore beeindruckt durch die geschlossen erhaltene bauzeitliche Ausmalung, die von E. Schulz geschaffen wurde. Zur originalen Ausstattung zählt neben der Eichenholz-Kanzel und der teilweise bemalten Taufe auch der Sandsteinaltar mit der schwarzen Marmorplatte. 1931 brach der alte Aufsatz zusammen, 1969 erhielt der Altar ein neues Standkreuz von Hildegard Hendrichs (1923–2013). Prägend für den Raumeindruck sind auch die farbigen Glasfenster im Chor. Für die figürlichen Szenen in den drei mittleren Fenstern von 1887 lieferte der Dresdner Maler Carl Bertling (1835–1918) die Entwürfe. Dargestellt sind Christus und die Evangelisten. Vier Jahre zuvor entstanden die beiden seitlichen Fenster mit ihrer ornamentalen Gestaltung.

Die Orgel schuf Woldemar Otto Richard Kreutzbach (1839–1903) aus Borna. Sie wurde 1883/84 mit 30 Registern auf zwei Manualen und Pedal erbaut und 1899 auf drei Manuale und 43 Registern erweitert. 2018–2020 wurde sie von der Mitteldeutschen Orgelbau A. Voigt GmbH (Bad Liebenwerda) restauriert. Sie gilt als erste vollpneumatische Orgel Sachsens und ist in ihrer Machart ähnlich bedeutend wie die Orgel der Leipziger Nikolaikirche von Friedrich Ladegast (1818–1905), der bei Richard Kreutzbachs Vater Urban Kreutzbach (1796 –1868) Geselle war, oder das Instrument von Wilhelm Sauer (1831–1916) in der Thomaskirche in Leipzig.

Quellenangaben: Magirius, Heinrich u.a. (Bearb.): Die Bau- und Kunstdenkmäler von Sachsen. Stadt Leipzig. Die Sakralbauten. Bd. II. München-Berlin 1995, S. 1184-1194; http://www.nathanaelgemeinde.de/; http://www.stiftung-kiba.de/, http://de.wikipedia.org/wiki/Nathanaelkirche_%28Leipzig-Lindenau%29#Nathanaelkirche