In der Dessauer Neustadt entstand 1688–1697 unter der Leitung des brandenburgischen Baumeisters Martin Grünberg (1655–1706) die lutherische Kirche als verputzter Backsteinbau über kreuzförmigem Grundriss. Der eingezogene Westturm mit pyramidaler Spitze war 1699 fertiggestellt und 1702 konnte die Weihe des Baus im schlichten holländischen Barockstil stattfinden. Nach der Erhöhung des Turmes 1838 fand 1865–1868 eine umfassende Restaurierung statt. Im Zweiten Weltkrieg brannte der Bau bis auf die Umfassungsmauern aus. 1953–1955 erfolgte der Wiederaufbau, bei dem das Dach der Kirche zwei Meter niedriger gelegt wurde.

Von der ursprünglichen Ausstattung der Kirche blieb bis auf die Taufe aus dem Jahr 1695 nichts erhalten. Dafür beherbergt der Altarraum heute drei Gemälde aus der Cranach-Werkstatt, die sich ehemals in der Dessauer Marienkirche befanden und die bis 1992 restauriert wurden. Das Kreuzigungsbild entstand 1523 in der Werkstatt von Lucas Cranach d. Älteren (1472–1553) und zeigt Johannes den Täufer, Maria, den Apostel Johannes und Franz von Assisi unter dem Kreuz. Von Luca Cranach d. Jüngeren (1515–1586) stammt das Gemälde mit der Ölberg-Szene, auf dem auch Fürst Georg III. von Anhalt (1507/1530–1553) dargestellt ist. Auch das Abendmahlbild von 1565 schuf der jüngere Cranach. Auf diesem Bild sind Georg III. sowie Wittenberger und anhaltische Reformatoren zu sehen. Außerdem befindet sich in der Kirche ein Kruzifix, welches ursprünglich aus dem herzoglichen Mausoleum in Dessau stammt. Die Orgel im Chor fertigte die Firma Eule aus Bautzen und wurde 1990 eingeweiht

Quellenangaben: Dehio Sachsen-Anhalt II, 1999, S. 122 f.; http://www.johanniskirche-dessau.de