Für einen Neubau anstelle der barocken Kirche am Werderschen Markt erarbeitete Karl Friedrich Schinkel (1781–1841) im Jahren 1821/1822 Pläne, die an antik-römischer Tempelarchitektur orientiert waren. 1824 legte er dem preußischen König Friedrich Wilhelm III. (1770/1797–1840) klassizistische und neugotische Alternativentwürfe vor. Der König entschied sich für die gotische Variante, die auch der Kronprinz und spätere König Friedrich Wilhelm IV. (1795/1840–1861) favorisierte. Bis zum Jahr 1830 entstand ein fünfjochiger Backsteinbau mit polygonalem Chorschluss und flachem Dach, der an englische chapels orientiert war. Die Hauptfassade ist durch die beiden Türme bestimmt, deren Stockwerke durch Gesimse getrennt sind. Schinkel schuf mit dem Bau die erste neugotische Kirche Berlins, die im Äußeren durch die Materialsichtigkeit des Backsteins geprägt ist. Der bauplastische Schmuck entstand in der Tonwarenfabrik von Tobias Feilner (1773–1839). Die gusseisernen Türen des Hauptportals mit den Engelstondi entwarf Christian Ludwig Tieck (1776–1851). Bereits 1914 wurde hier die Figur des Erzengels Michaels über dem Hauptportal durch eine in Kupfer getriebene Figur ersetzt. Nach schweren Zerstörungen im Zweiten Weltkrieg kam es 1982–1987 zur Wiederherstellung, bei der auch die Michael-Figur durch Achim Kühn (geb. 1942) in Bronze erneuert wurde und die 1844 von Friedrich August Stüler (1800–1865) veränderten Fialen ihre Erstfassung zurückerhielten. 1998–200 fand die letzte Erneuerung statt.

Seit der Restaurierung der 1980er Jahre ist die ursprüngliche Raumfassung mit der materialimitierenden Bemalung und den hölzernen Einbauten wieder erlebbar. Auch die ausgelagerten Glasfenster im Chorpolygon mit musizierenden Engeln und Teppichmustern sind jüngst wieder eingesetzt worden. Heute befindet sich im Innenraum eine Sammlung von Skulpturen der Berliner Schule vom späten 18. bis zur Mitte des 19. Jahrhunderts der Nationalgalerie.

Quellenangaben: Denkmaltopographie Berlin, Bezirk Mitte, Ortsteil Mitte, 2003, S. 313 f.; Dehio Berlin, 2006, S. 59 f.; http://de.wikipedia.org/wiki/Friedrichswerdersche_Kirche