Die gotische Stufenhalle wurde im Wesentlichen in zwei Bauabschnitten errichtet: Zunächst führte man die vier schmaleren westlichen Joche von etwa 1390 bis zur Mitte des 15. Jh. auf und anschließend die beiden deutlich größeren östlichen Joche, den platt geschlossenen Chor in Mittelschiffsbreite, zu dem die Seitenschiffe mit schrägen Mauern vermitteln. Nach Fertigstellung des Langhauses sind im Norden und Süden Kapellen angebaut worden. Der Westturm wurde schließlich 1616–82 hinzugefügt und 1877 von Johannes Otzen (1839–1911) neogotisch überprägt.

Der Innenraum wird von den backsteinsichtigen Rundpfeilern und den Gratgewölben geprägt. Der spätbarocke Altar von 1749 beherrscht die Ostwand und der 1604–09 vom bedeutenden Flensburger Bildhauer Heinrich Ringerink († 1629) geschaffene prächtige Orgelprospekt den Blick nach Westen. Die Kanzel schuf 1570 der Lübecker Bildhauer Hinrich Matthes, die Bronzetaufe 1497 Peter Hansen. Bemerkenswert sind weiterhin ein Triumphkreuz aus dem letzten Viertel des 16. Jh. und zahlreiche Grabdenkmäler des 14.–18. Jh. Im historischen Prospekt befindet sich eine Orgel von Arp Schnitger (1648–1719) von 1707–1709; dahinter ist eine 1878 von der Apenrader Firma Marcussen & Søn geschaffene symphonische Orgel. Beide Werke wurden 1997–2009 vom Marburger Orgelbauer Gerald Woehl (* 1940) zu einer Doppelorgel vereinigt.

Quellenangaben: Dehio Hamburg–Schleswig-Holstein, 1994, S. 250–253; http://de.wikipedia.org/wiki/Nikolaikirche_(Flensburg); http://de.wikipedia.org/wiki/Johannes_Otzen; http://de.wikipedia.org/wiki/Arp_Schnitger; http://de.wikipedia.org/wiki/Heinrich_Ringerink; http://de.wikipedia.org/wiki/Gerald_Woehl