Um 1340 begann der Neubau der heutigen Backsteinkirche, die einen Vorgängerbau ersetzte. Die Errichtung des Westriegels um 1380 zeigt das Ende der Bauarbeiten am dreischiffigen gewölbten Langhaus und polygonalem Chor an. 1493–1503 ist ein zweites südliches Seitenschiff angefügt worden. Aus statischen Gründen wurde die Westfront 1737–43 durch fünf pilasterartige Stützpfeiler verstärkt. 1944 brannte die Kirche aus und bei Einsturz des Turmes ist das Gewölbe zerstört worden. Die anschließende Wiederherstellung 1951–63 erfolgte unter Leitung von Bernhard Hopp und Rudolf Jäger, wobei lediglich der Turm modern gestaltet wurde.

Der Innenraum wird von der rekonstruierten mittelalterlichen Baugestalt bestimmt. Die farbigen Chorfenstern schuf 1959–63 der Maler Charles Crodel (1894–1973), Da die Ausstattungsstücke evakuiert worden waren, haben sie sich weitgehend erhalten: Als Hauptaltar dient der Trinitatisaltar der Böttcher von 1510/20, die prächtige Kanzel schuf 1609/10 Georg/Jürgen Baumann und die Orgel von 1689–93 – die größte Barockorgel in Norddeutschland – stammt aus der Werkstatt Arp Schnitgers (1648–1719). Deren Prospekt war 194 zerstört worden, konnte jedoch anhand geretteter Schnitzereien rekonstruiert werden. Erwähnenswert sind weiterhin der St. Annen- und Petrialtar aus der Zeit um 1508 wohl aus der Lübecker Werkstatt des Benedict Dreyer, der St. Lukas-Altar des späten 15. Jh. und mehrere Grabdenkmäler des 17. Jh.

Quellenangaben: Dehio Hamburg–Schleswig-Holstein, 1994, S. 16–20; http://de.wikipedia.org/wiki/Hauptkirche_Sankt_Jacobi_(Hamburg); http://de.wikipedia.org/wiki/Benedikt_Dreyer; http://de.wikipedia.org/wiki/Arp_Schnitger; http://de.wikipedia.org/wiki/Charles_Crodel