Eine erste Kirche an diesem Ort entstand im 13. Jahrhundert. Die heutige dreischiffige Hallenkirche mit Westturm und eingezogenem polygonalem Chor geht auf Baumaßnahmen von 1498–1500 zurück, bei denen der ältere Turm einbezogen wurde. In dieser Kirche predigte Martin Luther (1483–1546) im 16. Jahrhundert mehrfach, im Jahr 1525 fand hier die Reformation statt. Seit 1554 diente der Bau als herzoglich-sächsische Grablege. Durch Johann Adolf Richter (1682–1768) erfuhr das Innere 1726–1735 eine Barockisierung, bei der unter anderem das spätgotische Gewölbe durch eine hölzerne Konstruktion ersetzt und Emporen eingebaut wurden. Von 1776 bis 1803 war Johann Gottfried Herder (1744–1803) als Oberhofprediger und Generalsuperintendent in der Kirche tätig. Im Zweiten Weltkrieg stark beschädigt, erfolgte 1948–1953 der Wiederaufbau mit einer Neuausführung der Gewölbe.

Der Innenraumeindruck ist wesentlich bestimmt durch den Gegensatz zwischen hellem Langhaus und dunklerem, reich ausgestattetem Chor. Hier befinden sich zahlreiche Epitaphien und Grabstellen der ernestinischen Herzogsfamilie. Neben der Doppeltumba von Johann Friedrich der I., „der Großmütige“ (1503/1532–1554) und seiner Frau Sibylle von Jülich-Cleve-Berg (1512–1554) ist vor allem das monumentale Epitaph für Herzog Johann III. (1570/1602–1605) und Herzogin Dorothea Maria (1574–1617) hervorzuheben, das sich über dem Durchgang zur Taufkapelle befindet. Das bedeutendste Ausstattungsstück stellt der Flügelaltar dar, den Lucas Cranach d. Ä. (um 1475–1553) und nach seinem Tod dessen Sohn Lucas Cranach d. J (1515–1586) 1552–1555 geschaffen haben. Die Mitteltafel zeigt die Kreuzigungsszene. Zu Füßen des Kreuzes befinden sich auf der linken Seite der Auferstandene und auf der rechten Johannes der Täufer, Cranach d. Ä. und Luther. Die Seitenflügel zeigen Herzog Johann Friedrich und seine Frau Sibylle von Cleve sowie deren drei Söhne. Bekrönt wird der Altar von einem kunstvollen Aufsatz mit kursächsischen Wappen. Im Langhaus befindet sich die Grabplatte von Herder aus der Königlich-Preußischen Eisengießerei Berlin.1859 wurde außerdem die Grabplatte von Lucas Cranach d. Ä. vom Jakobsfriedhof in die Kirche überführt.

Quellenangaben: Dehio Thüringen 1998, S. 1313–1317; http://www.ek-weimar.de/kirchen/stadtkirche/geschichte.html; http://de.wikipedia.org/wiki/Herderkirche_%28Weimar%29