Um 1380 begann die Errichtung der gotischen Hallenkirche mit den prägenden Chorflankentürmen, wobei Fundamentteile des Vorgängerbaus weiter verwendet wurden. Das vierjochige Schiff muss 1425 vollendet gewesen sein, die Einwölbung erfolgte allerdings erst in der Mitte des 15. Jahrhunderts, das Gewölbe des Chores war 1514 fertiggestellt. Die Ausführung eines großen Westturms kam nur bis zum Dachbereich zur Ausführung, sein vollendeter Teil beherrscht die als Schaufassade ausgebildete Westfront des Baus mit dem Hauptportal und dem großen sechsbahnigen Maßwerfenster. Im Portaltympanon befindet sich eine Darstellung des Jüngsten Gerichts. Im letzten Drittel des 17. Jahrhunderts entstand unter dem Chor eine Gruft für die ernestinischen Herzöge von Sachsen-Saalfeld. Eine große Restaurierung der Kirche fand 1891–1894 statt, bei der unter anderem die Westfassade Veränderungen erfuhr. Hier wurde 1895 im Wimperg das Relief der Hl. Kümmernis von der Brückenkapelle angebracht.

Im westlichen Mittelschiffsjoch befindet sich auf der Empore im Prospekt eines Instruments von 1708 die Orgel, die Wilhelm Sauer (1831–1916) aus Frankfurt Oder 1894 baute und die 50 Register besitzt. Weitere bemerkenswerte Ausstattungsstücke der Kirche sind ein heiliges Grab aus der Zeit um 1400, ein Echthaarkruzifix vom Ende des 15. Jahrhunderts sowie im Chor eine Figur Johannes des Täufers vom Anfang des 16. Jahrhunderts. Felder der Bleiverglasung von 1518 mit Heiligendarstellungen wurden während der Restaurierung im 19. Jahrhundert in die östlichen Langhausfenster eingefügt. Die Chorfenster stammen aus dem 19. Jahrhundert und zeigen Szenen aus dem Leben Jesu. In der nördlich dem Chor angefügten Veronikakapelle befindet sich der Schrein des ehemaligen Veronika-Altars aus der Zeit um 1490 mit einem Relief der Beweinung Christi und den seitlichen Figuren der Heiligen Anno von Köln und Katharina (rechts) sowie von Barbara und Dorothea (links).

Quellenangaben: Dehio Thüringen, 2003, S. 1052-1055; http://de.wikipedia.org/wiki/Johanneskirche_%28Saalfeld%29