Ältester Teil der Kirche ist der langgestreckte Chor, der zu großen Teilen aus dem Kirchenschiff eines Apsidensaals des 11. Jh. besteht. Dessen Apsis wurde zugunsten eines platt geschlossenen Chores um 1260 beseitigt, nachdem das westliche Drittel des Apsidensaals abgetragen und um 1210/20 durch eine ursprünglich flachgedeckte Pfeilerbasilika ersetzt worden war. Um 1410 wurde im Süden die sog. Schleinitzkapelle angefügt und dabei die beiden angrenzenden Joche des Südschiffes verändert. In der Mitte des 15. Jh. ist die Taubenheimsche Kapelle im Norden des Chores errichtet worden und das Nord- und das Mittelschiff mit einer Kreuzrippenwölbung versehen worden.

Das Kircheninnere wird von der spätmittelalterlichen Gewölbearchitektur mit den farbig hervorgehobenen Gliederungselementen sowie den nachreformatorischen Ausstattungsstücken dominiert. Den Hochaltar um 1650, die Kanzel von 1657 und das Epitaph des Heinrich von Schleinitz († 1654) schufen die Meißner Künstler Valentin Otte (Bildhauer; 1596–1673) und Johann Richter (Maler; † 1672). Zu erwähnen sind der spätgotische Martinsaltar des frühen 16. Jh. aus der Meißner Martinskirche und zahlreiche Grabdenkmäler des 15.–18. Jh. Die Orgel von 1908 ist ein Werk der Bautzener Firma Eule.

Quellenangaben: Dehio Sachsen I, 1996, S. 582–586; P. Findeisen, Zur Baugeschichte der St. Afra-Kirche in Meißen. In: Das Hochstift Meißen. Berlin 1973, S. 347–358; http://de.wikipedia.org/wiki/Kloster_St._Afra_(Mei%C3%9Fen)