Der Sakralbau wurde unter Beibehaltung der auf die Zeit um 1200 zurückgehenden Stellung der beiden Osttürme nach 1400 errichtet. Die im Kern dreischiffige gotische Staffelhalle stammt aus der Mitte des 15. Jh.; die Vollendung des Bauwerks erfolgte mit der Ausstattung 1509–12. Nach einer Brandzerstörung im Jahre 1730 erfolgte der Wiederaufbau als protestantischer Emporensaal unter Johann David Steingruber.

Das Innere der Kirche wird von der grundlegenden barocken Umgestaltung nach 1730 mit einem tonnengewölbten Mittelschiff, dem von den Emporenpfeilern gebildeten Binnenraum und der prächtigen barocken Ausstattung von Johann Friedrich Maucher bestimmt. Dazu gehören der Hochaltar in dem spätgotisch gewölbten Chor, die Kanzel am mittleren nördlichen Emporenpfeiler, das Gestühl – jeweils aus dem Jahre 1734 – sowie der prächtige Orgelprospekt von 1735. In diesem befindet sich eine zuletzt 2007 von der Nürnberger Firma Maderer veränderte Steinmeyer-Orgel von 1889.

Quellenangaben: Dehio Bayern I/Franken, S. 77; http://de.wikipedia.org/wiki/Johann_David_Steingruber; http://www.orgel-information.de/Orgeln-Deutschland/B/bad/bad_windsheim_st_kilian.html