Um 1250 gründete der Franziskanerorden in Berlin das sogenannte Graue Kloster, das möglicherweise eine Feldsteinkirche besaß. Bereits im letzten Drittel des 13. Jahrhunderts entstand eine dreischiffige Backsteinbasilika mit polygonalem Chor. Von diesem ehemals kreuzgewölbten Bau sind Teile der Westfassade, der Langhauswände und des Chores erhalten. Dieser Bau gehörte zu den qualitätvollsten Kirchen der Zeit und nahm eine vorbildhafte Rolle in der Region ein. Nach der Reformation wurde das Kloster säkularisiert und 1574 hier das Gymnasium zum Grauen Kloster eingerichtet, das zu den berühmtesten Berliner Bildungsanstalten zählte und an dem etwa Karl Friedrich Schinkel (1781–1841), Friedrich Ludwig Jahn (1778–1852) oder Otto von Bismarck (1815–1898) Schüler waren. 1842–1846 fand eine umfassende Erneuerung statt. Dabei erhielten Westseite zwei neue Türme und der Innenraum eine historisierende Ausmalung. Friedrich August Stüler (1800–1865) errichtete 1844 anstelle einer alten Mauer an der Straßenseite eine offene Bogenhalle. 1926–1936 erfolgte ein weitgehender Rückbau der Kirche auf das Erscheinungsbild von vor 1842. Im Zweiten Weltkrieg brannte der Komplex aus. Nachdem die übrigen Gebäude abgebrochen wurden, ist die gesicherte Ruine der Kirche das letzte bauliche Zeugnis dieses für die Berliner Geschichte so bedeutsamen Ortes.

Teile der ehemals reichen Ausstattung befinden sich heute in der Berliner Marienkirche und im Märkischen Museum. Vor Ort haben sich einige wenige spätmittelalterliche und barocke Grabsteine erhalten.

Quellenangaben: Landesdenkmalamt Berlin (Hg.): Kirchenruine des Grauen Klosters Berlin. Geschichte, Forschung, Restaurierung. Petersberg 2007; Dehio Berlin, 2006, S. 34 f.; Denkmaltopographie Berlin, Bezirk Mitte, Ortsteil Mitte, Petersberg 2003, S. 209–211; http://de.wikipedia.org/wiki/Franziskaner-Klosterkirche_%28Berlin%29; http://www.klosterruine-berlin.de/